في مقر المعهد الرئيسي (بمدينة إيليكورى) يوجد مسجد جامع على طابقين يصلى فيه ما يزيد عن ألفي مصلّ أيام الجمعة ويخطب فيه فضيلة مدير المعهد ونائب الوكيل العام ونائبه ورئيس القسم الثانوي ومدير القبول والتسجيل بالتناوب ويصلي الطلبة فريضة الظهر في هذا المسجد أيام الدراسة قبل انصرافهم إلى منازلهم. ويعتبر المسجد ملتقى المدرسين والطلبة في تنظيم الندوات والمؤتمرات الدينية وغيرها كالمناسبات التعليمية والثقافية اللاصفية، كما يستعمل المسجد لتحفيظ القرآن المجيد وتعليم المبادئ الإسلامية اللازمة للصبيان